В качестве абсорбирующего и тонизирующего средства применяется при общих нарушениях обмена веществ, слабости, истощении, снижении выработки молока и при лечении алиментарного бесплодия. Тонофосфан рекомендуется при заболеваниях костей, таких как рахит и остеомаляция, для стимуляции образования костной мозоли при переломах в сочетании с препаратами витамина D, а также используется при тетании, вызванной дисбалансом кальция, магния и фосфора (в сочетании с терапией кальцием и магнием).